Jason Buenrostro ha sviluppato la tecnologia ATAC-seq
di Karen Weintrau
Una volta laureato in biologia e ingegneria alla Santa Clara University, Jason Buenrostro ha cominciato a lavorare in un laboratorio della Stanford con il compito di supervisionare una macchina per il sequenziamento dei geni da $800.000.
Era interessato a comprendere gli effetti delle mutazioni genetiche rilevate dalla macchina, nonostante molti dei geni mutati individuati venissero considerati di poco o nessun valore in quanto non partecipi alla produzione di proteine. Decise quindi di dedicare le proprie ricerche presso la Stanford a metodi di sviluppo che permettessero di misurare queste regioni poco esplorate del genoma.
Il DNA è essenzialmente identico di cellula in cellula, ma una cellula renale differirà da una cellula cerebrale nelle attività di questi suoi geni. Per potersi costringere all’interno del nucleo, la spirale del DNA si avviluppa stretta su se stessa. Solo le regioni del DNA aperte sono attive.
Buenrostro e colleghi hanno sviluppato uno strumento chiamato ATAC-seq, capace di misurare queste regioni aperte del genoma che pur non producendo proteine regolano l’attività genetica. “Non avevo realizzato quanto sarebbe stato utile uno strumento simile. È stata una sorpresa,” spiega Buenrostro, aggiungendo che l’ATAC-seq ha persino una propria pagina su Wikipedia.
Buenrostro ha ulteriormente sviluppato la tecnologia arrivando ad identificare i tratti di DNA aperto al livello di una singola cellula. Con questo strumento, i ricercatori possono determinare quali geni siano attivi in ogni cellula, studiando come queste cellule a volte si sviluppano in cellule di nuovi tipi e come le loro funzioni sono dirottate dalla malattia.
Buenrostro vuole utilizzare questi strumenti per raccogliere nuove informazioni basilari sulle differenze tra cellule sane e malate, allo scopo di programmare nelle cellule nuovi comportamenti, sia in fase di sviluppo che di maturazione. Ora alla direzione di un laboratorio di 10 persone, Buenrostro spiega: “Voglio capire cosa determina il destino delle cellule per poterle indirizzare a fare ciò che desidero”, tipo combattere il cancro.
(lo)
